L’itinerario continua da piazza Malpighi, su cui gravita l'esterno dell'abside della chiesa di San francesco ed al cui centro si trova la colonna dell’Immacolata Concezione, sormontata da una statua disegnata da Guido Reni

Sulla destra della piazza si nota la Porta Nuova e sulla sinistra le tre famose Tombe dei Glossatori. Il primo da sinistra dei monumenti funebri, quello con il sarcofago coperto in terracotta maiolicata, era la sepoltura di Accursio (morto nel 1265) e di suo figlio Francesco; la tomba con due ordini di colonne è di Odofredo (morto nel 1265); l'ultima, con i quattro leoni stilofori, custodisce Rolandino dei Romanzi (morto nel 1284) tutte e tre le tombe sono a baldacchino con tetto piramidale e sostenute da colonne, ma si differenziano per una ricchezza di dettagli. Il significato di glossatori deriva dal latino glossa, cioè spiegazione letterale dell'antico diritto romano,e quindi nel 1248 Accursio fu incaricato di riordinarle nella Magna Glossa, perhè ci fosse una unica interpretazione giuridica.

L'ingresso principale della chiesa di S. Francesco si trova sulla omonima piazza; la chiesa presenta numerose cappelle come quella di San Bernardino, in tardo stile gotico, e a sinistra il più grande dei campanili disegnato, insieme alla sacrestia, da Antonio di Vincenzo. Delimitato da poderose colonne ortogonali, l'interno della basilica conserva importanti opere d'arte, tra cui un capolavoro della scultura gotica: la pala in marmo dell'altare maggiore, eseguita dal veneziano Pier Paolo delle Masegne e dai suoi allievi (1388-1392). Sulla predella sono descritti i Fatti della vita di San Francesco e, su piccoli pannelli ripartiti in due registri, sono rappresentati l'Incoronazione della Vergine e otto santi e il Padre Eterno e santi, coronati da pinnacoli con le immagini dei profeti.