Il paesaggio del mondo sommerso di Villasimius è caratterizzato da praterie di posidonia oceanica, il cui habitat è impreziosito dalla presenza della pinna nobilis, il più grande mollusco bivalve del Mediterraneo, e da pesci come il sarago, la spigola, l'orata, la cernia, di cui l'Area Marina sta effettuando il ripopolamento presso la Secca di Piscadeddus, così come dell'aragosta rossa, che verrà ripopolata nel settore ovest dell'isola di Serpentara.

Sono anche presenti mammiferi marini come i tursiopi e la rarissima foca monaca, avvistata nelle acque dell' Area Marina da alcuni diportisti.

Il mondo sommerso dell' Area Marina Protetta di Capo Carbonara cela inoltre meraviglie del passato: si tratta di navi naufragate nei mari di Villasimius dal periodo romano sino all'età moderna e i cui reperti potranno essere ammirati grazie ai sentieri blu progettati dall' Area Marina.

La Secca dei Berni rappresentava nell'antichità un forte pericolo per i naviganti che attraversavano il canale dell'Isola dei Cavoli e procedevano paralleli alla costa, oppure che attraversavano il canale di Serpentara in rotta inversa. L'abbondanza del materiale ceramico rinvenuto nella secca testimonia come numerose imbarcazioni siano naufragate su quegli scogli. Tra esse, può essere citata una nave oneraria affondata nella seconda metà del 111 secolo d. C. con un carico di anfore vinarie greco italiche e ceramica a vernice nera di produzione laziale, ed un relitto romano affondato attorno alla prima metà del I secolo d. C. che trasportava materiali per l'edilizia.

I reperti provenienti da questo relitto sono esposti al Museo Archeologico, assieme a quelli del relitto di una nave del XV secolo affondata presso l'Isola dei Cavoli mentre dalle Baleari si dirigeva verso la Sicilia. La nave trasportava un carico di materiale decorativo (azulejos, losetas ed altri pezzi di varie dimensioni) destinati probabilmente a decorare il palazzo nobiliare palermitano della famiglia Beccatelli, il cui blasone è rappresentato negli azulejos.