Ma le chiese monumentali e preziose, belle e suggestive sono molte, e il passaggio dall’una all’altra costituisce le tappe di un itinerario storico-artistico tutto da percorrere. Ne segnaliamo alcune ben sapendo che molte altre, racchiudono tesori d’arte, fede, cultura e tradizione che meritano una visita attenta, da San Faustino Maggiore, dedicata ai Santi patroni della città, a Santa Maria del Carmine, con la facciata in cotto a vista, fino a Sant’Agata, San Giuseppe, Santa Maria della Pace, il Santuario della Madonna delle Grazie, San Clemente.

Santa Maria dei Miracoli.
La chiesa rinascimentale sorta a fine ‘400 dov’era un’immagine miracolosa della Madonna ,ora nell’abside, è un capolavoro del Rinascimento bresciano, scampato fortunatamente alle bombe.
Presenta all'esterno una originale architettura con quattro cupole nascoste da tiburio ed un abside ottagonale ed una raffinata decorazione scultorea della facciata, opera di Giangasparo Pedoni, in marmo di Botticino alternato a marmi di altre tonalità;
L'interno, a pianta quadrata divisa in tre navate da pilastri e colonne, con l'abside pentagonale e con due cupole che sovrastano la navata centrale ed altre due più piccole sulle cappelle centrali delle navate laterali è andato in gran parte distrutto dal bombardamento del 2 Marzo 1945 che risparmiò "miracolosamente" solo l'elegante facciata; contiene sculture di Gaspare da Coirano e Antonio della Porta detto il Tamagnino.

La Chiesa dedicata ai Santi Nazaro e Celso presenta una facciata del XVIII sec. e conserva importanti opere d'arte: Natività e santi, Incoronazione di Maria, Annunciazione e Presepio, opere del Moretto; in sagrestia un’Adorazione dei Magi del Romanino su ante d’organo e un trittico attribuito a Paolo da Caylina il Vecchio.
Sul fondo del presbiterio il cosiddetto polittico Averoldi,, con Gesù Risorto, Annunciazione e santi opera del giovane Tiziano (1520-22), recentemente restaurato (è contenuto in un’ancona marmorea del Vantini), che riunisce cinque tele. Accanto alla porta laterale sinistra i cenotafi dei vescovi Riario e Ducco (1522), di Maffeo Olivieri

San Francesco.
La chiesa, a tre navate, fu eretta in forme romanico-gotiche tra il 1254 e il 1263 ed è sicuramente una tra le chiese più importanti di Brescia. Notevole il Chostro Maggiore, anch'esso del Trecento, ideato dal maestro comacino Guglielmo Frissone da Campione. Le cappelle laterali risalgono invece ai secoli XV-XVI. Il campanile (fine ‘200) ha bifore romaniche e, più sopra, gotiche.
L'interno a forma basilicale presenta tre navate, il soffito di quella centrale è a scafo mentre quello delle due laterali è a capriate. In origine le pareti in pietra erano spoglie ma nel Trecento vennero affrescate e sempre in questa epoca furono costruite due cappelle laterali all'altar maggiore. Gli affreschi sono in parte ancora visibili sulla parete di destra: un Inferno e una Pietà che richiamano la scuola di Giotto e la Discesa dello Spirito Santo del Romanino.
Nell'interno si trovano una Santa Margherita e santi e Pentecoste del Moretto; una Vergine col Bambino e santi del Romanino; numerosi affreschi del XIII-XV sec.; una preziosa Croce processionale del 1501 è nella quattrocentesca sagrestia.

S. Giovanni Evangelista.
Chiesa paleocristiana ricostruita nel Quattrocento.
La facciata presenta un portale in pietra di forme rinascimentali affiancato da due archi, tracce di antiche tombe nobiliari.
Nell'interno, ampiamente rimaneggiato nel XVII sec., sono raccolti notevoli dipinti, tra i quali Madonna e santi del Moretto nell'abside, Trinità e santi del Francia e Sposalizio della Vergine del Romanino nel battistero.
All’interno della Cappella del Sacramento la più importante testimonianza della pittura bresciana del Cinquecento, con la mirabile battaglia fra il Romanino (parete sinistra) e Moretto (parete destra) le cui opere "si sfidano" rappresentando episodi della Bibbia e dei Vangeli.

Sant’Angela Merici .
La chiesa ha origini molto antiche, in quanto nel luogo dove furono inumati i primi martiri, sorse anticamente la cappella di San Faustino ad sanguinem, in seguito ampliata, che nel ‘200 divenne Sant’Afra, ovvero la chiesa alla quale nel 1580 Pier Maria Bagnadore sovrappose il tempio poi distrutto dai bombardamenti nel 1945, e presto ricostruito con la ridedicazione a Sant’Angela.
Nell'interno si conservano pregevoli dipinti tra cui una Trasfigurazione del Tintoretto, un Battesimo di sant'Afra di F. Bassano, un San Francesco attribuito a Paolo da Cailina, i Martiri bresciani di Palma il Giovane e altri.

Nelle vicinanze, la moderna chiesa di S. Alessandro racchiude un'Annunciazione di Jacopo Bellini e altri interessanti dipinti.

La chiesa di S. Clemente, conserva preziose opere pittoriche del Romanino e del Moretto.
E' una chiesa molto antica che esiteva già nel X secolo. Nel tempo subì molti rifacimenti, in specifico nel XV secolo venne riedificata e nel XVII subì altre trasformazioni. Nel 1840 l'interno venne radicalmente modificato dal Vantini. In questa chiesa sono custoditi importantissimi dipinti del Moretto: la Vergine in gloria con i santi Clemente, Domenico, Floriano, Caterina e la Maddalena, le Cinque sante, lo sposalizio mistico di S.Caterina, l'offerta di Melchisedec.

La chiesa Santissimo Corpo di Cristo, facente parte dell'ex convento dei Gesuati (XV-XVI sec.), fu edificata nella seconda metà del XV secolo dai Gesuati stessi, e deve il suo nome alla scultura del busto di Cristo posta al centro dell'architrave.
La facciata è coronata da tre pinnacoli e da archetti in cotto smaltati, molto bello lo splendido portale in marmo di stile tipicamente rinascimentale. Al centro dell'architrave - sormontato da una lunetta in pietra affrescata - vi è scolpito il busto di Cristo. Nella lunetta sopra il portale affresco del sec. XV e, sopra ancora, un altro affresco meno leggibile (Annunciazione) del Moretto.
L'interno - a navata unica con tre cappelle laterali - venne ristrutturato intorno al 1640 con l'aggiunta delle tre cappelle e degli affreschi di Benedetto Marone. Molto interessanti, ai lati del presbiterio, i quattro affreschi attribuibili a Paolo da Caylina il Vecchio o a Gerolamo da Brescia: Madonna col Bambino tra S. Rocco e S. Cristoforo; S. Gerolamo genuflesso nel deserto; Vergine seduta col Cristo morto in grembo; Vergine col Bambino e S. Pietro. Un recente restauro ha ridato splendore alla volta a stella con il ciclo di affreschi raffiguranti i dodici apostoli.
Nel convento tre bei chiostri rinascimentali. Su quello detto della Regola, cui si accede attraverso un atrio decorato da Pietro Marone, si apre il refettorio, con due affreschi (Ultima Cena e Deposizione) del Romanino.