Sorge nel luogo stesso ove un tempo era la casa degli Spadalonga, amici di S. Francesco d'Assisi, i quali lo accolsero affettuosamente quando fu scacciato dal padre.

La chiesa in stile romanico-antico, terminata nel 1292, è opera di Fra Bevignate da Perugia, architetto perugino, con semplice facciata (incompiuta), ornata da un portale romanico; un bel fianco, verso il giardino, a lesene e monofore, ove si apre un portale gemino con ricco rosone, e tre absidi poligonali appartenenti alla costruzione originaria, su una delle quali si leva il campanile ottagonale.

La costruzione è a tre spaziose navate su pilastri poligonali. La facciata e l'interno della chiesa furono modificate nel 1754. Internamente sono interessanti le tre piccole absidi ripristinate di recente.

Notevole è la Cappella a sinistra con affreschi di Ottaviano Nelli (1375-1450) illustranti la Vita della Vergine e riportati casualmente alla luce nel 1942 durante i lavori di restauro. Sullo stipite destro: Madonna col Bambino, S. Cristoforo, S. Antonio abate e altre pitture del '400.

La cappella a destra è divisa in due parti da una volta quattrocentesca. In alto resti di affreschi trecenteschi. Sotto la volta, al centro, il Redentore, ai lati in quattro tondi gli Evangelisti.

Sono interessanti anche la Sacrestia e il silenzioso Chiostro, restaurati recentemente.

Il Convento è contemporaneo alla Chiesa e fu chiamato delle "cento celle" per i numerosi abitacoli dei religiosi; si trova una notevole raccolta d'arte, con opere di oreficeria, paramenti sacri, dipinti e reperti archeologici.

Sono evidenti nella parte esterna numerose piccole finestre gotiche.