Siamo negli anni 983-87 quando comincia la storia di questa abbazia benedettina, che continuerà fino al 1622, ma la presenza monastica sulla vetta e lungo le pendici del monte ha sicuramente una vita più antica. La costruzione originaria sembra che si possa fare risalire ai tempi dell'Impero Romano (400 d.C.) ed era costituita da tre piccole cappelle che formano la chiesetta tricora dedicata all'Arcangelo San Michele.

La cronaca del monastero narra che il conte Ugo di Montboissier vi costruisce un monastero e lo affida a cinque benedettini; chiamò a dirigere la comunità di monaci benedettini l'abate Adverto. In questi anni fu concepito, probabilmente da Guglielmo da Volpiano, il grandioso disegno di costruire una quarta chiesa sopra le tre preesistenti. Tra il 1015 e il 1035 la cima del monte Pirchiano è inglobata dalle strutture di questa nuova chiesa, detta di Ugone.
Il numero dei monaci e la fama del monastero crebbero ulteriormente. Su un imponente basamento che partiva dall'ultimo picco del monte fu costruita una quinta chiesa.
Fino alla metà del 1300 l'abbazia visse il suo periodo di maggior gloria e potenza.
Ottenne l'autonomia e l'indipendenza dal potere temporale e da quello del vescovo di Torino. Si arricchì di una biblioteca, di opere d'arte e di possedimenti in Italia e in Europa, diventando una sacra-fortezza rispettata temuta.

Dalla fondazione a metà 1200 l’abbazia visse il suo periodo migliore; seguì mezzo secolo di decadenza; dal 1300 al 1360 la vita si rinnova sotto il prudente governo degli abati Guglielmo III di Savoia, Rodolfo di Mombello, Ugone di Marbosco.

Nel 1379, per il malgoverno del corrotto abate Pietro di Forgeret, Amedeo VI di Savoia (Il Conte Verde) chiese alla Santa Sede l'abolizione della figura dell'abate monaco e la sua sostituzione con un Commendatario, che, interessato più ai profitti personali che alle sorti del monastero, non fu assolutamente in grado di contrastare la decadenza dell'abbazia. Nel 1622 il Cardinale Maurizio di - Savoia convinse Papa Gregorio XV a sopprimere il monastero.

Dopo seicento anni di vita benedettina, la Sacra restò quasi abbandonata per oltre due secoli! L'abitavano un cappellano e un chierico.

Le guerre tra Francia e Spagna fecero del monastero un baluardo disputato, che nel 1629 fu in parte distrutto dai francesi di Richelieu; così fecero le truppe del Catinat nel 1693 e ancora i francesi nel 1706, che ridussero il monastero nuovo alle rovine che vediamo; le costruzioni adiacenti la "porta di ferro" formavano, fin dal secolo XII, uno sbarramento difensivo, vigilato a turno dagli uomini del feudo abbaziale.

Nel 1836 Carlo Alberto convinse Papa Gregorio XVI a chiamare quali amministratori e custodi perpetui della Sacra di San Michele, i Padri Rosminiani.

Il 22 ottobre 1836 un nutrito gruppo di Rosminiani si stabilì alla Sacra portandovi il noviziato. Il 25 dello stesso mese venivano traslate lassù dal Duomo di Torino le salme di 24 Reali di Casa Savoia, ora tumulate in grevi sarcofagi di pietra

I Padri Rosminiani rimasero alla Sacra anche dopo che l'iniqua legge dell'incameramento dei beni ecclesiastici nel 1867 spogliava la comunità religiosa dei pochi averi che le avrebbero garantito un dignitoso sostentamento e all'edificio un minimo di manutenzione. I Padri Rosminiani vi sono tuttora, dopo aver ripreso l'antica vita benedettina e, grazie al loro lavoro, oggi la Sacra è di nuovo un centro ricco di iniziative sostenute dall'attività di gruppi di volontari e dall'appoggio dei vari Enti Pubblici e delle Soprintendenze su più direzioni:
- custodia, conservazione e valorizzazione del monumento,
- servizio e cura del santuario,
- accoglienza ed il servizio-guida ai visitatori,
- ricupero e promozione di momenti fortemente culturali con convegni, conferenze, concerti, mostre, assistenza a studiosi.