Educazione ambientale: l'Area Marina Protetta di Capo Carbonara porta avanti dei progetti mirati allo sviluppo di una coscienza ambientale nei bambini e negli adulti. I progetti sono finalizzati alla conoscenza del territorio, in particolare nelle sue caratteristiche ambientali; a fornire indicazioni per una corretta fruizione del territorio e ad un'equilibrata interazione dell'individuo con lo stesso.

Autotutela, prevenzione e vigilanza: servizio che è finalizzato a prevenire infrazioni e manovre di disturbo delle specie e dell'intero ecosistema dell'AMP mediante una costante vigilanza e una corretta informazione per i fruitori dell' Area.

Monitoraggio: servizio caratterizzato dal controllo scientifico, mediante rilevamenti costanti, della qualità della vita nell'ambiente marino dell'Area, in particolare dello stato di salute della Posidonia, vero e proprio polmone dei fondali dell'area.

Pulizia dei fondali: attività di sensibilizzazione rivolta ai diportisti e ai pescatori, che prevede il recupero di reti ed altri elementi inquinanti persi dai pescatori e dai diportisti.

Ripopolamento: attività che prevede il ripopolamento di alcune specie in pericolo di estinzione nell'area, quali la cernia gigante, che troverà il suo habitat ideale presso la Secca di Piscadeddus, e l'aragosta rossa, che ripopolerà la zona ovest dell'Isola di Serpentara.

Ricerca scientifica: dalla biologia marina alla geologia, dall'archeologia alla botanica. Di particolare interesse il progetto tursiope, relativo allo studio della presenza del mammifero in queste acque, e il progetto foca monaca, relativo allo studio della presenza del rarissimo animale nell' area.

Archeologia subacquea: attività di scavo con fruizione mediante percorso e visite guidate di relitti sommersi.