Area strategica per il controllo dei traffici marittimi, la zona venne ripetutamente sottoposta ad attacchi della pirateria barbaresca.

Le varie torri di epoca medievale, che come mute sentinelle sorvegliano il perimetro costiero dislocandosi perfino sulle isole principali, fanno parte del sistema di difesa delle coste voluto dagli aragonesi: tra esse ricordiamo la Torre di S. Luigi a Serpentara, quella di Porto Giunco, dell'isola dei Cavoli, di Fortezza Vecchia, di Capo Boi.

All'interno dell'area protetta, nella .sua parte terrestre, si rinvengono inoltre tracce di insediamenti umani di epoca prenuragica, nuragica, fenicia (Il Sito di Cuccureddus), punica, romana, medievale appunto.

Ma l'area ha anche un indubbio valore archeologico subacqueo: numerosi reperti, antichi e più recenti, giacciono sui suoi fondali. Il più antico, legato ad una nave di epoca romana che trasportava anfore e ceramiche, è datato 250 a.C.
La ricchezza di reperti è legata alla pericolosità di alcuni tratti di mare antistanti il Capo, e soprattutto quelli localizzati alla Secca dei Berni.

Carbonara, che solo nel 1862 diviene Villasimius, è un nome che con ogni probabilità è legato alla produzione di carbone che si poteva ottenere dal taglio dei boschi un tempo diffusi sul territorio.
Ernst Junger nel suo "Terra sarda", ci offre una possibile curiosa interpretazione, osservando come "nel granito sono intarsiati nastri neri e rettilinei, come tracciati con il righello; suppongo che da essi prenda il nome il promontorio, Capo Carbonaro.