La bellezza e le suggestioni della Grotta di Nettuno derivano anche dalle concrezioni, cioè da quelle formazioni calcaree che ornano pareti e soffitti che la natura ha creato con il continuo stillicidio nell'arco dei secoli e dei millenni di acqua piovana; questa infiltrandosi nelle fenditure della roccia calcarea, scioglie lentamente il carbonato di calcio di cui essa è composta, creando piccole cavità che col tempo possono diventare addirittura grotte vere e proprie, come oggi noi le possiamo vedere.

Ed è la stessa acqua, ricca di sali precedentemente disciolti, che nel suo lento gocciolio all'interno delle grotte rideposita il carbonato di calcio, dando origine alle concrezioni che possono assumere varie tonalità di colore.

All'interno di piccoli bacini d'acqua sovrasatura di carbonato di calcio, si ha invece il lento accrescimento di cristalli di calcite che danno origine a formazioni singolari di particolare bellezza. Si passa dai sottili aghi trasparenti a veri e propri agglomerati di macrocristalli con mille sfaccettature, con tonalità di colore che vanno dal bianco al giallo, all'arancio, che riflettono la luce in un magico scintillio.

A questo punto la natura si sbizzarrisce creando stalattiti, stalagmiti, colonne, colate, vaschette dalle forme e dalle dimensioni più disparate.
E la fantasia del visitatore che poi liberamente coglie, nella suggestione del luogo, rassomiglianze con le cose più varie. Ed ecco allora comparire come d'incanto monumenti, statue, alberi, animali, figure umane che sembrano popolare questo mondo sotterraneo.

La formazione delle concrezioni è un'opera molto lenta, che richiede moltissimo tempo, secoli e anche millenni, ma non è quantificabile in modo assoluto perché vi concorrono numerosi fattori.

Occorre ricordare sempre che toccare con le mani compromette o comunque modifica l'accrescimento, e quindi non toccare o additrittura spezzare una stalattite significa quindi distruggere irreparabilmente il paziente lavoro del tempo, per poter ammirare queste bellezze della natura.